1929 yılında İzmir’de doğdu. Robert Kolej’deki öğreniminden sonra, Londra Üniversitesi
Eczacılık Okulu’nda okudu. Türkiye’ye dönüşü sonrasında 1953’te Vatan gazetesinin ünlü Sanat Yaprağı ekinin yayıncıları arasında yer aldı.
Eczacıbaşı İlaç Kuruluşu’na 1955’te katılan Şakir Eczacıbaşı, 1956-1967 yılları arasında, bilim çevreleri kadar sanat ve kültür çevrelerinde de geniş yankılar uyandıran Tıpta Yenilikler dergisini yayımladı. Ayrıca, Uluslararası şenliklerde ödüller alan Eczacıbaşı Kültür Filmleri dizisini 1960-1962 döneminde Sabahattin Eyuboğlu ve Pierre Biro’yla birlikte hazırladı.
Bunlardan Renk Duvarları, 1964 yılında Avrupa Konseyi’nin Kültür Filmleri Ödülü’nü kazandı.
1965’te, Onat Kutlar’la birlikte Türk Sinematek Derneği’nin kuruluşuna öncülük etti ve on yıl
süreyle başkanlığını yaptı.
İş yaşamında 1970’li yıllarda Eczacıbaşı İlaç’ın genel müdürlüğüne gelen Şakir Eczacıbaşı, 1980’de Eczacıbaşı Topluluğu yürütme kurulu başkanı, 1993’te de Eczacıbaşı Holding yönetim kurulu başkanı oldu.
1966 yılında kurduğu basketbol, voleybol ve masatenisi takımları birçok kez Türkiye şampiyonluğu kazandı. Yıllarca Avrupa kupalarında Türkiye’yi temsil eden Eczacıbaşı Spor Kulübü’nün 1996 yılına değin başkanlığını sürdürdü.
Fotoğraf sanatıyla 1960’larda ilgilenmeye başlayan Şakir Eczacıbaşı, yapıtlarıyla yurtiçi ve
yurtdışında büyük ilgi çekerek çağdaş fotoğraf sanatçıları arasında seçkin yerini aldı.
Türkiye’de on beş, yurt dışında yirmi beş fotoğraf sergisi düzenledi; Anlar/Moments (1983),
Türkiye Renkleri (1997), Kapılar Pencereler (2001), Bir Seçki: 1965-2005 (2005) kitapları yayımlandı.
1968’den başlayarak, seçkin Türk fotoğrafçıların yer aldığı Eczacıbaşı Renkli Fotoğraf Yıllıkları’nı hazırladı ve bunlarda bilinmeyen birçok genç fotoğrafçıyı tanıttı.
Bernard Shaw’dan Gülen Düşünceler, Oscar Wilde’dan Acılar, Tutkular, Gülümseyen Deyişler adıyla yaptığı derleme kitapları büyük ilgi uyandırdı.
1996’da iş yaşamından ayrılan Şakir Eczacıbaşı, Fransa’nın Sanat ve Edebiyat Şövalyesi Nişanı ve TC Devlet Üstün Hizmet Madalyası’yla ödüllendirildi.
1993’te, İstanbul’da uluslararası beş sanat festivalini düzenleyen İstanbul Kültür Sanat
Vakfı’nın yönetim kurulu başkanlığına seçildi. Bu görevini 2010 yılında hayata veda edinceye
kadar sürdürdü.
